ในปี พ.ศ. 2539 จังหวัดสุพรรณบุรีได้จัดทำโครงการจัดตั้งสาขาหรือวิทยาเขตของมหาวิทยาลัยในจังหวัดสุพรรณบุรี และเสนอขอรับการสนับสนุนจากสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรจังหวัดสุพรรณบุรีในขณะนั้น เพื่อให้เยาวชนของจังหวัดสุพรรณบุรีและจังหวัดใกล้เคียงได้มีโอกาสศึกษาต่อในระดับอุดมศึกษา และเพื่อพัฒนาจังหวัดให้เป็นศูนย์กลางการศึกษาในภาคกลางด้านตะวันตกของประเทศ เมื่อสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรจังหวัดสุพรรณบุรีได้พิจารณาแล้วเห็นว่า โครงการนี้เป็นประโยชน์ต่อเยาวชนของชาติ และสอดคล้องกับนโยบายของรัฐบาลที่กำหนดไว้ในแผนพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติฉบับที่ 8 (พ.ศ. 2540 – 2544) ซึ่งมีเป้าหมายจะขยายโอกาสทางการศึกษาแก่เยาวชนให้เพิ่มมากขึ้น จึงได้มีหนังสือถึงทบวงมหาวิทยาลัยขอให้ช่วยสนับสนุนโครงการดังกล่าว
วันที่ 30 พฤษภาคม 2539 ทบวงมหาวิทยาลัยได้เสนอโครงการจัดตั้งสาขาหรือวิทยาเขตมหาวิทยาลัยในจังหวัดสุพรรณบุรี ให้มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์พิจารณาเป็นมหาวิทยาลัยเจ้าของเรื่อง ซึ่งสภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ในคราวประชุมครั้งที่ 7/2539 เมื่อวันที่ 8 กรกฎาคม 2539 ได้มีมติเห็นชอบให้การสนับสนุนโครงการจัดตั้งวิทยาเขตในจังหวัดสุพรรณบุรี และยินดีรับเป็นมหาวิทยาลัยเจ้าของเรื่อง และโครงการจัดตั้งวิทยาเขตสุพรรณบุรีนี้เป็นโครงการหนึ่งที่ดำเนินการ ภายใต้มติที่ประชุมคณะรัฐมนตรีในการอนุมัติหลักการขยายวิทยาเขตของมหาวิทยาลัยของรัฐใน ภูมิภาคต่างๆ ทั่วประเทศ เมื่อวันที่ 8 ตุลาคม 2539
เดือนมกราคม 2540 มหาวิทยาลัยได้มีประกาศแต่งตั้งคณะกรรมการจัดตั้งวิทยาเขตสุพรรณบุรี ซึ่งประกอบด้วยบุคลากรของมหาวิทยาลัยและจังหวัดสุพรรณบุรีเพื่อดำเนินการจัดหา สถานที่จัดตั้งวิทยาเขต และได้แต่งตั้งคณะกรรมการบริหารโครงการจัดตั้งวิทยาเขตสุพรรณบุรีขึ้น ชุดหนึ่ง เมื่อเดือนตุลาคม 2540 ทำหน้าที่วางแผน บริหาร ประสานงาน และติดตามการดำเนินงานของโครงการจัดตั้งฯ